메콩 강에 댐들이 들어서면서 하류의 수량 감소가 심각한 문제로 대두되고 있다. 일부 지류에서는 가뭄으로 강바닥이 드러났다. 강물이 줄면서 밀물 때 짠 바닷물이 내륙까지 들어와 농사를 망치는 곳도 많아지고 있다. 메콩 강 하류에 해수가 밀려오고 물고기의 이동이 끊기자 메콩 강 유역 주민들의 주된 수입원인 수산자원도 크게 줄었다.
강의 상류를 차지하고 있는 중국의 댐건설로 인해 하류에 위치한 라오스, 태국, 캄보디아, 베트남 등이 물부족이 심화된다며 중국에 항의하고 미국도 이를 지지하고 있다. 그러나 중국에선 이를 받아들이지 않는 중이어서 국제분쟁화되고 있다. 그리고 미국이 1,816억원을 지원하면서 메콩강 유역 국가들과의 협력을 확대·격상하기로 했다.
